The rapid mutation of the influenza virus threatens public health. Reassortment among viruses with different hosts can lead to a fatal pandemic. However, it is difficult to detect the original host of the virus during or after an outbreak as influenza viruses can circulate between different species. Therefore, early and rapid detection of the viral host would help reduce the further spread of the virus. We use various machine learning models with features derived from the position-specific scoring matrix (PSSM) and features learned from word embedding and word encoding to infer the origin host of viruses. The results show that the performance of the PSSM-based model reaches the MCC around 95%, and the F1 around 96%. The MCC obtained using the model with word embedding is around 96%, and the F1 is around 97%.


翻译:流感病毒的快速突变威胁着公共卫生。来自不同宿主的病毒的重新排序可能导致致命的大流行病。然而,在爆发期间或之后检测病毒的原始宿主是困难的,因为流感病毒可以在不同的物种之间循环。因此,早期和快速检测病毒宿主将有助于减少病毒的进一步传播。我们使用来自位置特异性打分矩阵(PSSM)的特征和从词嵌入和词编码中学习到的特征,结合各种机器学习模型来推断病毒的起源宿主。结果显示,基于PSSM模型的性能达到了约95%的MCC,约96%的F1;使用词向量模型的MCC约为96%,F1约为97%。

0
下载
关闭预览

相关内容

专知会员服务
61+阅读 · 2020年3月19日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
利用动态深度学习预测金融时间序列基于Python
量化投资与机器学习
18+阅读 · 2018年10月30日
【推荐】自然语言处理(NLP)指南
机器学习研究会
35+阅读 · 2017年11月17日
【推荐】YOLO实时目标检测(6fps)
机器学习研究会
20+阅读 · 2017年11月5日
自然语言处理 (三) 之 word embedding
DeepLearning中文论坛
19+阅读 · 2015年8月3日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2010年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2008年12月31日
Arxiv
20+阅读 · 2021年9月22日
Arxiv
11+阅读 · 2019年6月19日
VIP会员
最新内容
人工智能赋能无人机:俄乌战争(万字长文)
专知会员服务
5+阅读 · 今天6:56
国外海军作战管理系统与作战训练系统
专知会员服务
2+阅读 · 今天4:16
美军条令《海军陆战队规划流程(2026版)》
专知会员服务
10+阅读 · 今天3:36
《压缩式分布式交互仿真标准》120页
专知会员服务
4+阅读 · 今天3:21
《电子战数据交换模型研究报告》
专知会员服务
6+阅读 · 今天3:13
《基于Transformer的异常舰船导航识别与跟踪》80页
《低数据领域军事目标检测模型研究》
专知会员服务
6+阅读 · 今天2:37
【CMU博士论文】物理世界的视觉感知与深度理解
专知会员服务
10+阅读 · 4月22日
相关VIP内容
专知会员服务
61+阅读 · 2020年3月19日
相关基金
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2010年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2009年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2008年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员