In consensus clustering, a clustering algorithm is used in combination with a subsampling procedure to detect stable clusters. Previous studies on both simulated and real data suggest that consensus clustering outperforms native algorithms. We extend here consensus clustering to allow for attribute weighting in the calculation of pairwise distances using existing regularised approaches. We propose a procedure for the calibration of the number of clusters (and regularisation parameter) by maximising a novel consensus score calculated directly from consensus clustering outputs, making it extremely computationally competitive. Our simulation study shows better clustering performances of (i) models calibrated by maximising our consensus score compared to existing calibration scores, and (ii) weighted compared to unweighted approaches in the presence of features that do not contribute to cluster definition. Application on real gene expression data measured in lung tissue reveals clear clusters corresponding to different lung cancer subtypes. The R package sharp (version 1.4.0) is available on CRAN.


翻译:在共识聚类中,聚类算法与子采样程序结合使用,以检测稳定的聚类。先前对模拟数据和真实数据的研究表明,共识聚类优于原始算法。我们在此扩展共识聚类,允许使用现有的正则化方法在计算成对距离时进行属性加权。我们提出了一种通过最大化直接从共识聚类输出计算的新颖共识分数来校准聚类数量(及正则化参数)的程序,使其在计算上极具竞争力。我们的模拟研究显示:(i)与现有校准分数相比,通过最大化我们的共识分数进行校准的模型聚类性能更优;(ii)在存在不贡献于聚类定义的特征时,加权方法优于非加权方法。对肺组织测量的真实基因表达数据的应用揭示了对应于不同肺癌亚型的清晰聚类。R包sharp(版本1.4.0)可在CRAN上获取。

0
下载
关闭预览

相关内容

不可错过!《机器学习100讲》课程,UBC Mark Schmidt讲授
专知会员服务
76+阅读 · 2022年6月28日
专知会员服务
61+阅读 · 2020年3月19日
专知会员服务
162+阅读 · 2020年1月16日
[综述]深度学习下的场景文本检测与识别
专知会员服务
78+阅读 · 2019年10月10日
机器学习入门的经验与建议
专知会员服务
94+阅读 · 2019年10月10日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
18+阅读 · 2019年1月7日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
44+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
18+阅读 · 2018年12月24日
LibRec 精选:推荐系统的论文与源码
LibRec智能推荐
14+阅读 · 2018年11月29日
vae 相关论文 表示学习 1
CreateAMind
12+阅读 · 2018年9月6日
可解释的CNN
CreateAMind
18+阅读 · 2017年10月5日
【推荐】深度学习目标检测概览
机器学习研究会
10+阅读 · 2017年9月1日
国家自然科学基金
5+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
Arxiv
10+阅读 · 2021年11月3日
Meta-Learning to Cluster
Arxiv
18+阅读 · 2019年10月30日
VIP会员
最新内容
乌克兰战场背后的新武器
专知会员服务
5+阅读 · 6月12日
基于博弈论的陆军人机协同(长文报告)
专知会员服务
12+阅读 · 6月12日
美国陆军航空兵:以愿景引领转型
专知会员服务
7+阅读 · 6月12日
《多域战场上反制小型无人机系统》150页
专知会员服务
18+阅读 · 6月11日
战场人工智能:增强陆地作战能力的发现与要求
相关资讯
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
18+阅读 · 2019年1月7日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
44+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
18+阅读 · 2018年12月24日
LibRec 精选:推荐系统的论文与源码
LibRec智能推荐
14+阅读 · 2018年11月29日
vae 相关论文 表示学习 1
CreateAMind
12+阅读 · 2018年9月6日
可解释的CNN
CreateAMind
18+阅读 · 2017年10月5日
【推荐】深度学习目标检测概览
机器学习研究会
10+阅读 · 2017年9月1日
相关基金
国家自然科学基金
5+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2013年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2012年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2011年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员