Most electronic health record (EHR) foundation models encode clinical events as discrete event tokens from a fixed vocabulary and therefore cannot directly represent events containing unseen concepts or new combinations of concepts and attributes such as numeric values. This limits transfer across institutions and even across deployment pipelines within the same institution. We introduce PORTER, a language-grounded structured EHR foundation model that decouples event representation from this fixed vocabulary. PORTER represents events through their descriptions using a frozen text encoder, integrates numeric values through a dedicated pathway, and learns clinical dynamics over patient timelines with an autoregressively pretrained temporal backbone. Across 74 clinical prediction tasks at a pediatric hospital, PORTER matched the mean AUROC of a fixed-vocabulary model with the same temporal backbone and pretraining objective. When the same patient timelines were rendered using event descriptions not seen during pretraining, PORTER transferred without retraining or vocabulary mapping, recovering 97.1% of the mean AUROC of a model trained directly on the target vocabulary. When transferred to MIMIC, PORTER outperformed the fixed-vocabulary model, which dropped 69% of events because their tokens were unseen. Mechanistic analyses showed cross-vocabulary transfer tracked preservation of patient-level representation geometry rather than the scale of the text encoder, and the numeric pathway improved sensitivity to magnitude without disrupting clinical concept identity. PORTER also achieved higher AUROC than a task-specific text serialization comparator, at 329-fold lower amortized compute. PORTER is a step toward vocabulary-independent EHR foundation models that reduce the need for vocabulary harmonization while preserving in-domain performance and enabling efficient cross-task reuse.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

ACM/IEEE第23届模型驱动工程语言和系统国际会议,是模型驱动软件和系统工程的首要会议系列,由ACM-SIGSOFT和IEEE-TCSE支持组织。自1998年以来,模型涵盖了建模的各个方面,从语言和方法到工具和应用程序。模特的参加者来自不同的背景,包括研究人员、学者、工程师和工业专业人士。MODELS 2019是一个论坛,参与者可以围绕建模和模型驱动的软件和系统交流前沿研究成果和创新实践经验。今年的版本将为建模社区提供进一步推进建模基础的机会,并在网络物理系统、嵌入式系统、社会技术系统、云计算、大数据、机器学习、安全、开源等新兴领域提出建模的创新应用以及可持续性。 官网链接:http://www.modelsconference.org/
综述:生成式通信,面向6G的可控生成新范式
专知会员服务
11+阅读 · 7月13日
ACL 2025 | 事件检索增强大语言模型生成
专知会员服务
23+阅读 · 2025年7月18日
不可错过!EPFL《训练大语言模型》课程
专知会员服务
18+阅读 · 2025年4月25日
利用表示学习推动多机构电子健康记录数据研究
专知会员服务
16+阅读 · 2025年2月17日
赛尔译文|基础模型的风险与机遇(五)
哈工大SCIR
11+阅读 · 2021年11月30日
赛尔译文 | 基础模型的机遇与风险 (三)
哈工大SCIR
12+阅读 · 2021年10月26日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
44+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
18+阅读 · 2018年12月24日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
STRCF for Visual Object Tracking
统计学习与视觉计算组
15+阅读 · 2018年5月29日
Relation Networks for Object Detection 论文笔记
统计学习与视觉计算组
16+阅读 · 2018年4月18日
国家自然科学基金
23+阅读 · 2016年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
VIP会员
最新内容
无人机已改变战场,但并未解决指挥问题
专知会员服务
5+阅读 · 8月14日
驱动军事决策变革的顶尖人工智能指挥系统
专知会员服务
11+阅读 · 8月11日
非对称防御中的自组织临界性:俄乌战争
专知会员服务
10+阅读 · 8月10日
《战争中的大语言模型监管》
专知会员服务
16+阅读 · 8月10日
《边缘计算关键技术分析及美军作战实践应用》
相关VIP内容
综述:生成式通信,面向6G的可控生成新范式
专知会员服务
11+阅读 · 7月13日
ACL 2025 | 事件检索增强大语言模型生成
专知会员服务
23+阅读 · 2025年7月18日
不可错过!EPFL《训练大语言模型》课程
专知会员服务
18+阅读 · 2025年4月25日
利用表示学习推动多机构电子健康记录数据研究
专知会员服务
16+阅读 · 2025年2月17日
相关资讯
赛尔译文|基础模型的风险与机遇(五)
哈工大SCIR
11+阅读 · 2021年11月30日
赛尔译文 | 基础模型的机遇与风险 (三)
哈工大SCIR
12+阅读 · 2021年10月26日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
44+阅读 · 2019年1月3日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
18+阅读 · 2018年12月24日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
STRCF for Visual Object Tracking
统计学习与视觉计算组
15+阅读 · 2018年5月29日
Relation Networks for Object Detection 论文笔记
统计学习与视觉计算组
16+阅读 · 2018年4月18日
相关基金
国家自然科学基金
23+阅读 · 2016年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员