Molecular function is largely determined by structure. Accurately aligning molecular structure with natural language is therefore essential for enabling large language models (LLMs) to both understand structure for chemical reasoning and generate molecules from natural-language design intent. However, the substantial cost of human annotation makes it infeasible to construct large-scale, high-quality datasets of structure-grounded descriptions. This work proposes a fully automated annotation framework for generating precise molecular descriptions at scale, such that the original molecule can be unambiguously reconstructed from the description alone. Our approach extends a rule-based chemical nomenclature parser to interpret IUPAC names and construct enriched, XML metadata that explicitly encodes molecular structure. This is then used to guide LLMs in producing accurate natural-language descriptions. Using this framework, we curate MolLangData, a dataset of approximately $163$k molecule--description pairs. A rigorous validation protocol combining expert human and LLM-based reconstruction on a subset of $2,000$ molecules demonstrates $98.6\%$ description precision. Using the curated dataset, we train a $4$B-parameter LLM via large-scale reinforcement learning for language-conditional molecule generation. The proposed framework and dataset provide a reliable foundation for molecule--language alignment, readily beneficial to broader chemical tasks.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

数据集,又称为资料集、数据集合或资料集合,是一种由数据所组成的集合。
Data set(或dataset)是一个数据的集合,通常以表格形式出现。每一列代表一个特定变量。每一行都对应于某一成员的数据集的问题。它列出的价值观为每一个变量,如身高和体重的一个物体或价值的随机数。每个数值被称为数据资料。对应于行数,该数据集的数据可能包括一个或多个成员。
【ICLR2024】3D-MoLM:增强语言模型对分子3D空间结构的理解
【干货书】大规模文本数据的结构化知识挖掘,200页pdf
专知会员服务
70+阅读 · 2022年8月20日
TextCNN大牛Kim《深度无监督学习句法结构分析》,88页ppt
专知会员服务
29+阅读 · 2021年1月13日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
meta learning 17年:MAML SNAIL
CreateAMind
11+阅读 · 2019年1月2日
自然语言处理(NLP)知识结构总结
AI100
51+阅读 · 2018年8月17日
语料库构建——自然语言理解的基础
计算机研究与发展
11+阅读 · 2017年8月21日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
VIP会员
最新内容
软件定义无人机蜂群给防空带来全新压力
专知会员服务
6+阅读 · 10月13日
《半自主无人地面战车的互操作性》66页
专知会员服务
6+阅读 · 10月13日
迈向更智慧的军事情报
专知会员服务
6+阅读 · 10月12日
《美国陆军2026年野战手册 2-0 情报》
专知会员服务
5+阅读 · 10月12日
《基于启发式算法求解武器-目标分配问题》
专知会员服务
7+阅读 · 10月12日
《美陆军最新条令出版物 2-0 情报》
专知会员服务
8+阅读 · 10月10日
电子战测试与训练靶场:战前验证战备状态
专知会员服务
3+阅读 · 10月10日
《美国陆军如何作战》46页最新报告
专知会员服务
10+阅读 · 10月10日
相关VIP内容
【ICLR2024】3D-MoLM:增强语言模型对分子3D空间结构的理解
【干货书】大规模文本数据的结构化知识挖掘,200页pdf
专知会员服务
70+阅读 · 2022年8月20日
TextCNN大牛Kim《深度无监督学习句法结构分析》,88页ppt
专知会员服务
29+阅读 · 2021年1月13日
相关基金
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员