In this paper we present a new Monte Carlo Search (MCS) algorithm for finding the ground state energy of proteins in the HP-model. We also compare it briefly to other MCS algorithms not usually used on the HP-model and provide an overview of the algorithms used on HP-model. The algorithm presented in this paper does not beat state of the art algorithms, see PERM (Hsu and Grassberger 2011), REMC (Thachuk, Shmygelska, and Hoos 2007) or WLRE (W\"ust and Landau 2012) for better results. Hsu, H.-P.; and Grassberger, P. 2011. A review of Monte Carlo simulations of polymers with PERM. Journal of Statistical Physics, 144 (3): 597 to 637. Thachuk, C.; Shmygelska, A.; and Hoos, H. H. 2007. A replica exchange Monte Carlo algorithm for protein folding in the HP model. BMC Bioinformatics, 8(1): 342. W\"ust, T.; and Landau, D. P. 2012. Optimized Wang-Landau sampling of lattice polymers: Ground state search and folding thermodynamics of HP model proteins. The Journal of Chemical Physics, 137(6): 064903.


翻译:在本文中,我们为寻找HP模型中蛋白质的地面状态能量提出了一个新的蒙特卡洛搜索算法(MCS),我们还将其与HP模型中通常不使用的其他MCS算法进行了简要比较,并概述了HP模型中使用的算法。本文中介绍的算法没有击败艺术的状态算法,见PERM(Hsu和Grassberger,2011年)、REMC(Thachuk,Shmygelska和Hos,2007年)或WLRE(W\'ust和Landau,2012年),以取得更好的结果。HPS,HP模型中通常使用的其他 MCS算法(M)和Grassberger,2011年;PERM,《统计物理杂志》,144(3):597至637;Thachuk,C.;Shmygelska,A.和Hos,H.2007年。在HP模型中将蒙特卡洛算法重新交换蛋白模型。BMC Binformats,8(1):342 W\ust.W,T,T.L.andau-halstalstalstal: Studyal:S.

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