Accurate extraction of Alzheimer's Disease and Related Dementias (ADRD) phenotypes from electronic health records (EHR) is critical for early-stage detection and disease staging. However, this information is usually embedded in unstructured textual data rather than tabular data, making it difficult to be extracted accurately. We therefore propose LLM-MINE, a Large Language Model-based phenotype mining framework for automatic extraction of ADRD phenotypes from clinical notes. Using two expert-defined phenotype lists, we evaluate the extracted phenotypes by examining their statistical significance across cohorts and their utility for unsupervised disease staging. Chi-square analyses confirm statistically significant phenotype differences across cohorts, with memory impairment being the strongest discriminator. Few-shot prompting with the combined phenotype lists achieves the best clustering performance (ARI=0.290, NMI=0.232), substantially outperforming biomedical NER and dictionary-based baselines. Our results demonstrate that LLM-based phenotype extraction is a promising tool for discovering clinically meaningful ADRD signals from unstructured notes.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

LLM in Medical Domain: 大语言模型在医学领域的应用
专知会员服务
103+阅读 · 2023年6月17日
「中文电子病历命名实体识别」的研究与进展
专知会员服务
32+阅读 · 2022年11月5日
Cancer Cell综述|AI用于肿瘤学中的多模态数据集成
专知会员服务
35+阅读 · 2022年10月13日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
医学图像分析最新综述:走向深度
炼数成金订阅号
36+阅读 · 2019年2月20日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
论文浅尝 | Improved Neural Relation Detection for KBQA
开放知识图谱
13+阅读 · 2018年1月21日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
VIP会员
最新内容
俄罗斯如何拦截乌克兰无人机与巡航导弹
专知会员服务
8+阅读 · 10月15日
《武器-目标分配问题:精确与近似求解算法》
专知会员服务
10+阅读 · 10月15日
综述|谁来改进机器人?迈向物理递归自我改进
专知会员服务
10+阅读 · 10月14日
软件定义无人机蜂群给防空带来全新压力
专知会员服务
10+阅读 · 10月13日
《半自主无人地面战车的互操作性》66页
专知会员服务
14+阅读 · 10月13日
相关VIP内容
LLM in Medical Domain: 大语言模型在医学领域的应用
专知会员服务
103+阅读 · 2023年6月17日
「中文电子病历命名实体识别」的研究与进展
专知会员服务
32+阅读 · 2022年11月5日
Cancer Cell综述|AI用于肿瘤学中的多模态数据集成
专知会员服务
35+阅读 · 2022年10月13日
相关基金
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员