Manually curated biomedical repositories -- spanning bioactivity, genomics, and chemistry -- are expensive to maintain, lag behind primary literature, and discard experimental context, obscuring nuances needed to assess data correctness and coverage. We show that PubMed itself can be autonomously and cost-effectively turned into structured datasets that are larger, more nuanced, and more accurate than the curated databases they replace. We present three coupled contributions: (1) an LLM-based entity-tagging pipeline, grounded in nine biomedical ontologies, that tags 4.5B entities across 19 categories in a 22.5M-paper, 2.5T-token PubMed corpus; (2) hybrid sparse-dense retrieval supporting entity-filtered semantic queries over the tagged corpus; and (3) Starling, a multi-agent deep research system that, given only a natural-language task description, designs precision- and recall-targeted retrieval filters, induces an extraction schema, and emits structured records with nuance-rich fields and supporting passages. Across six tasks -- blood-brain barrier permeability, oral bioavailability, acute toxicity (LD50), gene-disease associations, protein subcellular localization, and chemical reactions -- Starling produces ~6.3M records (91K-3M per task); several are, to our knowledge, the largest public datasets for their property. Frontier-model rejection of our extractions is 0.6-7.7% across tasks, far below error rates we measure on widely used curated counterparts (e.g., 16.5% on BBB_Martins, 7.3% on Bioavailability_Ma). Beyond scale and accuracy, the supporting passages carry nuance tabular databases discard -- e.g., oral bioavailability may depend on fed vs. fasted state. Together, the corpus, retrieval, and agent establish a foundation for AI-driven therapeutic design. Code and datasets: https://github.com/starling-labs/starling.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

EMNLP2023:Schema自适应的知识图谱构建
专知会员服务
44+阅读 · 2023年12月3日
构建基于生物医学文献的抑郁症知识图谱
专知会员服务
12+阅读 · 2022年11月14日
Nat. Biomed. Eng.| 综述:医学和医疗保健中的自监督学习
专知会员服务
40+阅读 · 2022年8月25日
【知识图谱@EMNLP2020】Knowledge Graphs in NLP @ EMNLP 2020
专知会员服务
43+阅读 · 2020年11月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
18+阅读 · 2018年12月24日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
23+阅读 · 2016年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
12+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
5+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Arxiv
21+阅读 · 2021年12月31日
Arxiv
18+阅读 · 2020年10月9日
VIP会员
最新内容
反制无人机:乌克兰提供的五点启示
专知会员服务
7+阅读 · 9月23日
《各指挥层级均亟需红队能力》报告
专知会员服务
7+阅读 · 9月23日
《航电任务系统框架(FAMOS)》50页报告
专知会员服务
4+阅读 · 9月22日
《对抗行动中的人工智能与自主性》智库报告
专知会员服务
8+阅读 · 9月22日
《从数据到胜利:战争中的分析优势之争》
专知会员服务
10+阅读 · 9月22日
战争不仅需要机器人:人类仍不可或缺
专知会员服务
6+阅读 · 9月21日
《描绘美国防部创新基础设施的未来蓝图》100页
专知会员服务
10+阅读 · 9月21日
相关VIP内容
相关基金
国家自然科学基金
4+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
23+阅读 · 2016年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
12+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
5+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员