Coccidioidomycosis is a fungal lung infection endemic to parts of the Pacific Northwest and southwestern United States, Mexico, Central America, and South America. A 2017 study by Thompson et al. reported that many analyzed Coccidioides isolates had elevated minimum inhibitory concentration values for fluconazole but comparatively low minimum inhibitory concentration values for other triazole drugs. We constructed 172 synthetic joint minimum inhibitory concentration profiles from the published drug-specific marginal frequency tables. Values sampled from each marginal distribution were paired across drugs using a Gaussian copula, and potential cross-drug patterns were examined using k-means clustering, hierarchical clustering, and Gaussian mixture models. On the selected reconstruction, a forced four-cluster partition consistently identified an upper caspofungin minimum-inhibitory-concentration tail. Across the evaluated dependence scenarios, the gap statistic favored a single cluster in 96% to 100% of nested reconstructions, providing no evidence that the reconstructed multivariate data supported a broader multicluster structure. A separate simulation study examined recovery of an upper-severity-score category defined from prespecified quantiles of a composite minimum-inhibitory-concentration score. The study included 4,000 replications across 20 prevalence and measurement-noise conditions. The multiclass adjusted Rand index ranged from moderate to high depending on the method and prevalence, whereas binary partition agreement for the upper-severity-score category approached zero at 1% prevalence even though recall remained near 1.0. Clustering conclusions therefore depended on the assumed cross-drug dependence structure and on the realized number of observations in the target category.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

Nat. Commun. | 基于基因表达的癌症药物敏感性预测
专知会员服务
11+阅读 · 2022年10月9日
Nat. Cancer | 肿瘤学中的bulk和scRNA-seq的贝叶斯整合分析
专知会员服务
11+阅读 · 2022年6月27日
COVID-19文献知识图谱构建,UIUC-哥伦比亚大学
专知会员服务
43+阅读 · 2020年7月2日
Science 一周论文导读 | 2019 年 7 月 5 日
科研圈
11+阅读 · 2019年7月14日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Hierarchical Imitation - Reinforcement Learning
CreateAMind
19+阅读 · 2018年5月25日
论文浅尝 | Improved Neural Relation Detection for KBQA
开放知识图谱
13+阅读 · 2018年1月21日
读书报告 | CN-DBpedia: A Chinese Knowledge Extraction System
科技创新与创业
19+阅读 · 2018年1月4日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
VIP会员
最新内容
分层反无人机系统发展新趋势
专知会员服务
9+阅读 · 9月3日
何为协作武器?
专知会员服务
10+阅读 · 9月1日
《理解认知战:超越信息》
专知会员服务
14+阅读 · 9月1日
美国战争部在GenAI.mil上推出OpenAI的ChatGPT Mil
专知会员服务
10+阅读 · 8月31日
人工智能赋能军事维护:重新定义国防战备
专知会员服务
5+阅读 · 8月31日
相关VIP内容
Nat. Commun. | 基于基因表达的癌症药物敏感性预测
专知会员服务
11+阅读 · 2022年10月9日
Nat. Cancer | 肿瘤学中的bulk和scRNA-seq的贝叶斯整合分析
专知会员服务
11+阅读 · 2022年6月27日
COVID-19文献知识图谱构建,UIUC-哥伦比亚大学
专知会员服务
43+阅读 · 2020年7月2日
相关基金
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员