Selective conformal prediction can yield substantially tighter uncertainty sets when we can identify calibration examples that are exchangeable with the test example. In interventional settings, such as perturbation experiments in genomics, exchangeability often holds only within subsets of interventions that leave a target variable "unaffected" (e.g., non-descendants of an intervened node in a causal graph). We study the practical regime where this invariance structure is unknown and must be learned from data. Our contributions are: (i) a contamination-robust conformal coverage theorem that quantifies how misclassification of "unaffected" calibration examples degrades coverage via an explicit function $g(δ,n)$ of the contamination fraction and calibration set size, providing a finite-sample lower bound that holds for arbitrary contaminating distributions; (ii) a task-driven partial causal learning formulation that estimates only the binary descendant indicators $Z_{a,i}=\mathbf{1}\{i\in\mathrm{desc}(a)\}$ needed for selective calibration, rather than the full causal graph; and (iii) algorithms for descendant discovery via perturbation intersection patterns (differentially affected variable set intersections across interventions), and for approximate distance-to-intervention estimation via local invariant causal prediction. We provide recovery conditions under which contamination is controlled. Experiments on synthetic linear structural equation models (SEMs) validate the bound: under controlled contamination up to $δ=0.30$, the corrected procedure maintains $\ge 0.95$ coverage while uncorrected selective CP degrades to $0.867$. A proof-of-concept on Replogle K562 CRISPR interference (CRISPRi) perturbation data demonstrates applicability to real genomic screens.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

AAAI 2024 | GCIL:因果视角下的图对比不变学习
专知会员服务
20+阅读 · 2024年3月5日
Stabilizing Transformers for Reinforcement Learning
专知会员服务
60+阅读 · 2019年10月17日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
论文浅尝 | 知识图谱问答中的层次类型约束主题实体识别
半监督多任务学习:Semisupervised Multitask Learning
我爱读PAMI
18+阅读 · 2018年4月29日
【论文】变分推断(Variational inference)的总结
机器学习研究会
39+阅读 · 2017年11月16日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
国家自然科学基金
5+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
11+阅读 · 2008年12月31日
Arxiv
0+阅读 · 2月22日
VIP会员
相关VIP内容
AAAI 2024 | GCIL:因果视角下的图对比不变学习
专知会员服务
20+阅读 · 2024年3月5日
Stabilizing Transformers for Reinforcement Learning
专知会员服务
60+阅读 · 2019年10月17日
相关资讯
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
论文浅尝 | 知识图谱问答中的层次类型约束主题实体识别
半监督多任务学习:Semisupervised Multitask Learning
我爱读PAMI
18+阅读 · 2018年4月29日
【论文】变分推断(Variational inference)的总结
机器学习研究会
39+阅读 · 2017年11月16日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
相关基金
国家自然科学基金
5+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
11+阅读 · 2008年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员