Protein language models produce rich per-residue representations, but the sequence embeddings obtained by mean-pooling them are never trained to place related proteins near one another, so the geometry that retrieval, clustering and nearest-neighbor transfer depend on is never optimized. We present ProtSent, a contrastive post-training framework that supervises a protein language model with three types of biological relation at once, Pfam family co-membership, AlphaFold DB structural clusters and STRING interactions, and with deep mutational scanning fitness ordering as an optional fourth. It needs no structure at training or inference, trains on corpora filtered at 40% sequence identity against the benchmark test sets they most resemble, and is applied to ESM-2 (35M and 150M parameters) and ESM-C (300M). Post-training makes structural family membership recoverable from the frozen embedding without a trained readout: on SCOPe-40, the adjusted Rand index of the 35M model rises from 0.054 (near chance) to 0.507, and family retrieval gains +0.185, +0.190 and +0.424 Recall@1 over the three frozen backbones, with paired bootstrap intervals excluding zero. On the CATH midnight-zone benchmark, homologous-superfamily accuracy rises from 40.7% to 56.7% at 35M and from 43.3% to 62.7% at 150M, more than the 12 points a CATH-supervised model gains over its own base. Against a maximally sensitive HMMER search, alignment keeps the best single hit at both ESM-2 scales, but the embedding leads at ranking depth (MAP 0.705 against 0.607 at 150M) and returns a ranking for every query, including those where alignment finds none. Under a trained linear probe, however, the same embeddings fall below the untuned backbone, as do structure-distilled embeddings against theirs, so the gain in neighborhood structure comes at a cost in linear-probe accuracy. Code and models: https://github.com/oriel9p/ProtSent


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ACM/IEEE第23届模型驱动工程语言和系统国际会议,是模型驱动软件和系统工程的首要会议系列,由ACM-SIGSOFT和IEEE-TCSE支持组织。自1998年以来,模型涵盖了建模的各个方面,从语言和方法到工具和应用程序。模特的参加者来自不同的背景,包括研究人员、学者、工程师和工业专业人士。MODELS 2019是一个论坛,参与者可以围绕建模和模型驱动的软件和系统交流前沿研究成果和创新实践经验。今年的版本将为建模社区提供进一步推进建模基础的机会,并在网络物理系统、嵌入式系统、社会技术系统、云计算、大数据、机器学习、安全、开源等新兴领域提出建模的创新应用以及可持续性。 官网链接:http://www.modelsconference.org/
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