Inverse folding designs amino-acid sequences for a given protein backbone, and screening needs many candidates that are both diverse and well folded. We present HyInv, a 1.96-million-parameter backbone-conditioned graph network with an encoder-decoder architecture, trained by Hyra 2.0, the research agent developed by our team: pretrained with random-order autoregressive sequence modeling, followed by structure-reward reinforcement learning. At inference, a grouped draft-and-rewrite sampler that uses separate draft and rewrite temperatures improves refolding TM-score at matched diversity. An optimized implementation with BF16 numerics designs 128 sequences for a 402-residue backbone in 50.6 ms on a single NVIDIA H20 GPU, about 52 times faster than the reference sampler, and an exact FP32 path that returns the reference sequences is 8.7 times faster. Across five benchmark datasets and seven dataset-predictor combinations, HyInv reaches a higher average scTM than all ten external baselines at comparable or higher sequence diversity, with large margins over ProteinMPNN and ProteinZero V2. The same default setting supports de novo backbones, pocket-constrained libraries, enzyme redesign with the catalytic site kept, and loop redesign. We have released our code and model at https://github.com/Tencent-Hunyuan/Hyra-results/tree/main/AI4Science/hyinv.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

《​2025年十大新兴技术展望​​》最新49页报告
专知会员服务
34+阅读 · 2025年7月2日
全文发布 | 《技术结构图谱2022》报告,84页pdf
专知会员服务
57+阅读 · 2023年12月7日
《TextCycleGAN 技术报告》
专知会员服务
34+阅读 · 2023年5月4日
Cancer Cell综述|AI用于肿瘤学中的多模态数据集成
专知会员服务
35+阅读 · 2022年10月13日
AI药物研发发展研究报告(附报告)
专知会员服务
91+阅读 · 2022年2月11日
Science 一周论文导读 | 2019 年 7 月 5 日
科研圈
11+阅读 · 2019年7月14日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
18+阅读 · 2018年12月24日
【学科发展报告】生物信息学
中国自动化学会
11+阅读 · 2018年10月22日
【学科发展报告】计算机视觉
中国自动化学会
43+阅读 · 2018年10月12日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
读书报告 | Deep Learning for Extreme Multi-label Text Classification
科技创新与创业
48+阅读 · 2018年1月10日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Arxiv
0+阅读 · 11月10日
Arxiv
0+阅读 · 11月9日
Arxiv
0+阅读 · 11月9日
Arxiv
0+阅读 · 11月6日
Arxiv
0+阅读 · 11月3日
Arxiv
0+阅读 · 11月3日
VIP会员
最新内容
《美空军2026条令文件:对海压制作战》
专知会员服务
22+阅读 · 11月9日
人工智能与战争的未来
专知会员服务
9+阅读 · 11月8日
《Agent Mosaic:识别智能体LLM系统中的机密泄露》
专知会员服务
10+阅读 · 11月8日
人工智能在军事教育中的应用:若干视角与经验
专知会员服务
11+阅读 · 11月6日
“星链”减速与不断适应的乌克兰
专知会员服务
9+阅读 · 11月6日
美国中期选举之后:帕兰提尔面临不确定性?
专知会员服务
6+阅读 · 11月6日
相关VIP内容
《​2025年十大新兴技术展望​​》最新49页报告
专知会员服务
34+阅读 · 2025年7月2日
全文发布 | 《技术结构图谱2022》报告,84页pdf
专知会员服务
57+阅读 · 2023年12月7日
《TextCycleGAN 技术报告》
专知会员服务
34+阅读 · 2023年5月4日
Cancer Cell综述|AI用于肿瘤学中的多模态数据集成
专知会员服务
35+阅读 · 2022年10月13日
AI药物研发发展研究报告(附报告)
专知会员服务
91+阅读 · 2022年2月11日
相关论文
相关基金
Top
微信扫码咨询专知VIP会员