Clustering is fundamental to scRNA-seq analysis, serving as a cornerstone for identifying cell populations and resolving tissue heterogeneity. However, existing methods focus on mining numerical statistical patterns, suffering from semantic agnosticism by neglecting the intrinsic biological functions encoded by genes. While Large Language Models (LLMs) offer promising semantic capabilities, their direct adaptation to cell clustering is hindered by the structural mismatch between generative pre-training objectives and discriminative downstream tasks. To bridge this gap, we propose scLLM-DSC, a novel LLM-Knowledge Enhanced Cross-Modal Deep Structural Clustering framework. Diverging from data-driven paradigms, scLLM-DSC establishes a semantically-grounded representation by synergizing two views: a Knowledge-Driven Semantic View derived from NCBI gene priors and contextualized Cell2Sentence embeddings, and a Structure-Aware Topological View extracted via a graph-guided encoder. Crucially, we introduce a cross-modal contrastive alignment mechanism to enforce consistency between biological semantics and transcriptomic features within a unified latent space. Extensive benchmarks demonstrate that scLLM-DSC significantly outperforms eleven state-of-the-art baselines in clustering accuracy.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

DrugAI实验室研发单细胞RNA测序数据分析工具箱autoCell
专知会员服务
12+阅读 · 2023年1月9日
Nat. Commun. | 深度学习将大分子分解为独立的马尔可夫域
专知会员服务
17+阅读 · 2022年12月9日
Cancer Cell综述|AI用于肿瘤学中的多模态数据集成
专知会员服务
35+阅读 · 2022年10月13日
【ICML2020】图神经网络谱聚类
专知
10+阅读 · 2020年7月7日
病理图像的全景分割
人工智能前沿讲习班
16+阅读 · 2019年6月1日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
论文浅尝 | Improved Neural Relation Detection for KBQA
开放知识图谱
13+阅读 · 2018年1月21日
读书报告 | Deep Learning for Extreme Multi-label Text Classification
科技创新与创业
48+阅读 · 2018年1月10日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
国家自然科学基金
4+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
VIP会员
最新内容
世界模型入门:从序贯决策到通用智能体
专知会员服务
6+阅读 · 10月24日
军事域更好使用人工智能的实用指南
专知会员服务
9+阅读 · 10月22日
《衡量语言模型中的作战规划能力》
专知会员服务
14+阅读 · 10月20日
Maven智能系统:帕兰提尔军事人工智能平台详解
专知会员服务
16+阅读 · 10月20日
《测试自动化框架在敏捷软件开发中的角色》
专知会员服务
8+阅读 · 10月20日
俄罗斯如何拦截乌克兰无人机与巡航导弹
专知会员服务
12+阅读 · 10月15日
《武器-目标分配问题:精确与近似求解算法》
专知会员服务
19+阅读 · 10月15日
相关资讯
【ICML2020】图神经网络谱聚类
专知
10+阅读 · 2020年7月7日
病理图像的全景分割
人工智能前沿讲习班
16+阅读 · 2019年6月1日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
论文浅尝 | Improved Neural Relation Detection for KBQA
开放知识图谱
13+阅读 · 2018年1月21日
读书报告 | Deep Learning for Extreme Multi-label Text Classification
科技创新与创业
48+阅读 · 2018年1月10日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
相关基金
国家自然科学基金
4+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员