The Categorical Jacobian (CJ) of Zhang et al. (2024) reads protein contacts from a language model by perturbing every residue with every alternative amino acid, about 19L forward passes. We show the signal it reconstructs is already concentrated in a small subset of attention heads: averaging the top-K contact-relevant heads, selected on as few as 10 labeled proteins, recovers contacts in one forward pass and beats CJ on leakage-clean data for every bidirectional model where CJ is defined, and matches or beats it in-distribution (the exceptions being the smallest 8M model and a statistical tie on ESM Cambrian). Ablations localize the gain to labeled head selection, not averaging: at a matched label budget the unweighted mean ties a supervised L1 logistic regression on the same heads, so the parameter-free mean is selection's minimal form, not the source of the advantage. Our primary test is leakage-clean: on a CAMEO split where neither selection nor evaluation touches data the models have plausibly memorized, the head readout beats CJ on ESM-2-650M by +9 pp (N=29, p<0.001), with the within-model margin reproducing across architectures on a wider pretraining-aware set. Both methods fall 30-36 percentage points from their in-distribution Zhang numbers to the leakage-clean numbers, consistent with substantial pretraining overlap inflating prior numbers (a CAMEO-vs-Zhang difficulty shift contributes too, so we read it as an upper bound on the leakage component). We additionally introduce representation-CJ, a hidden-state generalization of the Jacobian for architectures without a masked-LM head; show that the optimal K tracks how diffusely a model spreads its contact heads; and find that both methods lose the contact signal on both causal LMs we test (ProGen2), suggesting attention-encoded pair structure may depend on bidirectional pretraining.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

ACM/IEEE第23届模型驱动工程语言和系统国际会议,是模型驱动软件和系统工程的首要会议系列,由ACM-SIGSOFT和IEEE-TCSE支持组织。自1998年以来,模型涵盖了建模的各个方面,从语言和方法到工具和应用程序。模特的参加者来自不同的背景,包括研究人员、学者、工程师和工业专业人士。MODELS 2019是一个论坛,参与者可以围绕建模和模型驱动的软件和系统交流前沿研究成果和创新实践经验。今年的版本将为建模社区提供进一步推进建模基础的机会,并在网络物理系统、嵌入式系统、社会技术系统、云计算、大数据、机器学习、安全、开源等新兴领域提出建模的创新应用以及可持续性。 官网链接:http://www.modelsconference.org/
ICML2024|知识感知的强化学习优化的蛋白质定向进化方法
专知会员服务
15+阅读 · 2024年10月18日
ACL 2024 | 基于知识指令的人类语言-蛋白质语言对齐模型
专知会员服务
17+阅读 · 2024年6月29日
用蛋白语言模型改进蛋白复合物预测
专知会员服务
10+阅读 · 2022年9月25日
Science | ProteinMPNN : 基于深度学习的蛋白序列设计
专知会员服务
12+阅读 · 2022年9月18日
Nat. Biotechnol. | 用机器学习预测多肽质谱库
专知会员服务
18+阅读 · 2022年9月12日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
BiSeNet:双向分割网络进行实时语义分割
统计学习与视觉计算组
22+阅读 · 2018年8月23日
Network Embedding 指南
专知
22+阅读 · 2018年8月13日
论文浅尝 | Improved Neural Relation Detection for KBQA
开放知识图谱
13+阅读 · 2018年1月21日
论文浅尝 | Question Answering over Freebase
开放知识图谱
19+阅读 · 2018年1月9日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2016年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
VIP会员
最新内容
深入Project Maven:为何人工智能在战场上依然失灵
专知会员服务
4+阅读 · 今天15:21
锻造未来士兵:外骨骼、基因工程与赛博格
专知会员服务
0+阅读 · 今天15:12
《无人机蜂群通信技术研究》50页
专知会员服务
4+阅读 · 今天14:55
战力倍增器:自主武器系统与乌克兰及加沙冲突
人工智能赋能战场情报:提速决策进程
专知会员服务
3+阅读 · 7月17日
《拥抱新兴技术:面向未来军官的教育革新》
专知会员服务
7+阅读 · 7月17日
相关资讯
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
disentangled-representation-papers
CreateAMind
26+阅读 · 2018年9月12日
BiSeNet:双向分割网络进行实时语义分割
统计学习与视觉计算组
22+阅读 · 2018年8月23日
Network Embedding 指南
专知
22+阅读 · 2018年8月13日
论文浅尝 | Improved Neural Relation Detection for KBQA
开放知识图谱
13+阅读 · 2018年1月21日
论文浅尝 | Question Answering over Freebase
开放知识图谱
19+阅读 · 2018年1月9日
相关基金
国家自然科学基金
0+阅读 · 2016年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员