Background: Limited universally-adopted data standards in veterinary medicine hinder data interoperability and therefore integration and comparison; this ultimately impedes the application of existing information-based tools to support advancement in diagnostics, treatments, and precision medicine. Objectives: A single, coherent, logic-based standard for documenting breed names in health, production, and research-related records will improve data use capabilities in veterinary and comparative medicine. Methods: The Vertebrate Breed Ontology (VBO) was created from breed names and related information compiled from the Food and Agriculture Organization of the United Nations, breed registries, communities, and experts, using manual and computational approaches. Each breed is represented by a VBO term that includes breed information and provenance as metadata. VBO terms are classified using description logic to allow computational applications and Artificial Intelligence-readiness. Results: VBO is an open, community-driven ontology representing over 19,500 livestock and companion animal breed concepts covering 49 species. Breeds are classified based on community and expert conventions (e.g., cattle breed) and supported by relations to the breed's genus and species indicated by National Center for Biotechnology Information (NCBI) Taxonomy terms. Relationships between VBO terms (e.g., relating breeds to their foundation stock) provide additional context to support advanced data analytics. VBO term metadata includes synonyms, breed identifiers/codes, and attributed cross-references to other databases. Conclusion and clinical importance: The adoption of VBO as a source of standard breed names in databases and veterinary electronic health records can enhance veterinary data interoperability and computability.


翻译:背景:兽医学领域缺乏普遍采用的数据标准,这阻碍了数据互操作性,进而影响数据的整合与比较;最终限制了现有基于信息的工具在支持诊断、治疗和精准医学发展方面的应用。目标:建立一个单一、连贯、基于逻辑的标准,用于记录健康、生产和研究相关记录中的品种名称,将提升兽医学和比较医学领域的数据利用能力。方法:脊椎动物品种本体论(VBO)的创建基于从联合国粮食及农业组织、品种登记机构、社区和专家处汇编的品种名称及相关信息,采用了人工与计算相结合的方法。每个品种由一个VBO术语表示,该术语包含品种信息和来源作为元数据。VBO术语使用描述逻辑进行分类,以实现计算应用和人工智能就绪性。结果:VBO是一个开放的、社区驱动的本体论,代表了超过19,500个涵盖49个物种的家畜和伴侣动物品种概念。品种根据社区和专家惯例(例如,牛品种)进行分类,并通过与美国国家生物技术信息中心(NCBI)分类学术语关联的属种关系予以支持。VBO术语之间的关系(例如,将品种与其基础种群关联)提供了额外的上下文,以支持高级数据分析。VBO术语元数据包括同义词、品种标识符/代码以及指向其他数据库的归属交叉引用。结论与临床重要性:在数据库和兽医电子健康记录中采用VBO作为标准品种名称的来源,可以增强兽医数据的互操作性和可计算性。

0
下载
关闭预览

相关内容

《计算机信息》杂志发表高质量的论文,扩大了运筹学和计算的范围,寻求有关理论、方法、实验、系统和应用方面的原创研究论文、新颖的调查和教程论文,以及描述新的和有用的软件工具的论文。官网链接:https://pubsonline.informs.org/journal/ijoc
Linux导论,Introduction to Linux,96页ppt
专知会员服务
82+阅读 · 2020年7月26日
FlowQA: Grasping Flow in History for Conversational Machine Comprehension
专知会员服务
34+阅读 · 2019年10月18日
Stabilizing Transformers for Reinforcement Learning
专知会员服务
60+阅读 · 2019年10月17日
《DeepGCNs: Making GCNs Go as Deep as CNNs》
专知会员服务
32+阅读 · 2019年10月17日
Keras François Chollet 《Deep Learning with Python 》, 386页pdf
专知会员服务
164+阅读 · 2019年10月12日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
18+阅读 · 2019年1月7日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
44+阅读 · 2019年1月3日
meta learning 17年:MAML SNAIL
CreateAMind
11+阅读 · 2019年1月2日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
18+阅读 · 2018年12月24日
STRCF for Visual Object Tracking
统计学习与视觉计算组
15+阅读 · 2018年5月29日
Focal Loss for Dense Object Detection
统计学习与视觉计算组
12+阅读 · 2018年3月15日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
From Softmax to Sparsemax-ICML16(1)
KingsGarden
74+阅读 · 2016年11月26日
国家自然科学基金
13+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
6+阅读 · 2014年12月31日
Arxiv
23+阅读 · 2023年3月8日
VIP会员
相关资讯
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
Transferring Knowledge across Learning Processes
CreateAMind
29+阅读 · 2019年5月18日
强化学习的Unsupervised Meta-Learning
CreateAMind
18+阅读 · 2019年1月7日
Unsupervised Learning via Meta-Learning
CreateAMind
44+阅读 · 2019年1月3日
meta learning 17年:MAML SNAIL
CreateAMind
11+阅读 · 2019年1月2日
A Technical Overview of AI & ML in 2018 & Trends for 2019
待字闺中
18+阅读 · 2018年12月24日
STRCF for Visual Object Tracking
统计学习与视觉计算组
15+阅读 · 2018年5月29日
Focal Loss for Dense Object Detection
统计学习与视觉计算组
12+阅读 · 2018年3月15日
IJCAI | Cascade Dynamics Modeling with Attention-based RNN
KingsGarden
13+阅读 · 2017年7月16日
From Softmax to Sparsemax-ICML16(1)
KingsGarden
74+阅读 · 2016年11月26日
相关基金
国家自然科学基金
13+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
6+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员