In Bayesian inference for the Cox proportional hazards model, modeling the baseline hazard function is challenging. Recently, direct Bayesian inference using the partial likelihood is considered in the framework of general Bayesian inference. In terms of posterior computation, several studies have examined sampling algorithms under the Cox model. In this study, we developed a novel likelihood extension for the Cox proportional hazards model based on the modeling of rank-ordered data. Furthermore, we propose two Gibbs sampling algorithms that combine the full likelihood based on the Plackett--Luce and generalized Plackett--Luce models with Pólya--Gamma data augmentation, referred to as PL-Cox and GPL-Cox, respectively. The two proposed methods offer practical advantages, as they do not require correction of posterior samples and are readily extensible to shared frailty models. In simulation study, we considered multiple survival model settings, including continuous and discrete survival time models, as well as scenarios with varying degrees of ties, and found that the PL-Cox model exhibited relatively stable performance. In analyses of real data with many ties, the GPL-Cox model fit the dataset substantially better than the PL-Cox model. In analyses of real data incorporating shared frailty, both methods demonstrated good computational efficiency. The R package \texttt{BayesPLCox}, which implements the PL-Cox and GPL-Cox methods, is publicly available.


翻译:在Cox比例风险模型的贝叶斯推断中,基线风险函数的建模具有挑战性。近期,学者们在通用贝叶斯推断框架下探讨了直接使用部分似然进行贝叶斯推断的方法。在后验计算方面,多项研究考察了Cox模型下的采样算法。本研究基于排序数据的建模,提出了一种Cox比例风险模型的新型似然扩展方法。此外,我们提出了两种吉布斯采样算法,分别结合基于Plackett-Luce模型和广义Plackett-Luce模型的完全似然与Pólya-Gamma数据增广技术,并将其命名为PL-Cox和GPL-Cox。这两种方法具有实用优势:无需校正后验样本,且易于扩展至共享脆弱性模型。在模拟研究中,我们考虑了包括连续和离散生存时间模型、以及不同结比例场景在内的多种生存模型设定,发现PL-Cox模型展现出相对稳定的性能。在含有大量结的实际数据分析中,GPL-Cox模型对数据集的拟合效果显著优于PL-Cox模型。在包含共享脆弱性的实际数据分析中,两种方法均表现出良好的计算效率。实现PL-Cox与GPL-Cox方法的R软件包\texttt{BayesPLCox}已公开可用。

0
下载
关闭预览

相关内容

【新书】贝叶斯推断:理论、方法、计算,347页pdf
专知会员服务
88+阅读 · 2024年6月8日
【Nature】贝叶斯统计与建模综述,26页pdf
专知会员服务
77+阅读 · 2021年1月21日
【NeurIPS 2020】近似推断进展,272页ppt
专知会员服务
33+阅读 · 2020年12月11日
【干货书】贝叶斯推断随机过程,449页pdf
专知会员服务
156+阅读 · 2020年8月27日
【干货书】贝叶斯推断随机过程,449页pdf
专知
31+阅读 · 2020年8月27日
面试题:简单说说贝叶斯定理
七月在线实验室
12+阅读 · 2019年6月12日
一文读懂机器学习中的贝叶斯统计学
数据分析
26+阅读 · 2019年5月8日
贝叶斯机器学习前沿进展
机器学习研究会
21+阅读 · 2018年1月21日
一文读懂贝叶斯分类算法(附学习资源)
大数据文摘
12+阅读 · 2017年12月14日
国家自然科学基金
16+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
5+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
18+阅读 · 2012年12月31日
Arxiv
0+阅读 · 3月10日
Arxiv
0+阅读 · 3月3日
VIP会员
最新内容
综述 | 3D场景图:开放挑战与未来方向
专知会员服务
7+阅读 · 6月22日
21世纪的无人机战争
专知会员服务
4+阅读 · 6月22日
《量子技术的军事任务技术适配与利用》
专知会员服务
5+阅读 · 6月22日
美国从乌克兰无人机战争中学习经验
专知会员服务
7+阅读 · 6月21日
ICML 2026 | 面向视觉语言模型的语义鲁棒性认证
专知会员服务
5+阅读 · 6月21日
相关基金
国家自然科学基金
16+阅读 · 2017年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
2+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
5+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
18+阅读 · 2012年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员