Patient exams in the cancer diagnosis and staging process typically generate several whole slide images (WSIs). One of the initial steps in training models on WSI data is identifying one or a few slides containing tumor or other diagnostic biomarkers necessary for downstream prediction tasks such as estimating recurrence risk or progression-free survival. This step requires tedious manual curation by experienced pathologists. Many published datasets make the artificial assumption of 1 slide per patient. Alternatively, all slides per patient may be used for model training, which may dilute the signal from the few slides containing tumor or other relevant information. In this paper, we present a pipeline to overcome these challenges using publicly available WSI foundation models (FMs). Our evaluations show that ranking WSIs based on predictions from zero-shot classification using WSI FMs accurately identifies slides with the most tumor, indicating that WSI FMs contain sufficient morphology signal to automatically triage slides. We also present a formulation for ranked evaluation to benchmark FM performance in slide triage. We show, on multiple datasets, that tumor slides are identified in the top-2 ranked slides for patients with up to 43 slides.


翻译:暂无翻译

0
下载
关闭预览

相关内容

【CVPR2022】基于粗-精视觉Transformer的仿射医学图像配准
专知会员服务
36+阅读 · 2022年4月2日
病理图像的全景分割
人工智能前沿讲习班
16+阅读 · 2019年6月1日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
国家自然科学基金
23+阅读 · 2016年12月31日
国家自然科学基金
5+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
VIP会员
最新内容
《面向国防领域的大语言模型基准测试与适配》
专知会员服务
10+阅读 · 10月28日
世界模型入门:从序贯决策到通用智能体
专知会员服务
13+阅读 · 10月24日
军事域更好使用人工智能的实用指南
专知会员服务
11+阅读 · 10月22日
《衡量语言模型中的作战规划能力》
专知会员服务
15+阅读 · 10月20日
相关VIP内容
【CVPR2022】基于粗-精视觉Transformer的仿射医学图像配准
专知会员服务
36+阅读 · 2022年4月2日
相关资讯
病理图像的全景分割
人工智能前沿讲习班
16+阅读 · 2019年6月1日
Hierarchically Structured Meta-learning
CreateAMind
27+阅读 · 2019年5月22日
相关基金
国家自然科学基金
23+阅读 · 2016年12月31日
国家自然科学基金
5+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
1+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2015年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
3+阅读 · 2014年12月31日
国家自然科学基金
0+阅读 · 2014年12月31日
Top
微信扫码咨询专知VIP会员